一百五十五年
晉朝（266年－420年）上承三國下啓南北朝，分爲西晉與東晉兩個時期，其中西晉爲中國歷史上大一統王朝之一，東晉則屬於六朝之一，兩晉共傳十五帝，共一百五十五年。
魏鹹熙二年十二月丙寅（266年2月8日），司馬炎逼迫魏元帝禪讓 ，即位爲帝，國號晉，建都洛陽，史稱西晉。丞相、疏族琅琊王司馬睿受到王氏和中朝勳臣的一致擁戴，317年三月在建業承製改元，即晉王位，改建業爲建康，史稱東晉。 司馬氏在三國時期爲曹魏世族，高平陵事變後掌 握魏國政權 。265年，司馬炎逼迫魏元帝曹奐禪位 。
280年，西晉滅孫吳而統一天下，但是和平穩定的局面只維持了短短的十一年（280年滅吳統一結束東漢末期和三國時期總共96年的大亂到291年八王之亂開始了長達298年的五胡十六國及以後的南北朝紛爭）。晉惠帝繼位後朝廷漸亂，領有軍權的諸王紛紛爭權，史稱八王之亂。晉朝元氣大傷後，內遷的諸民族乘機舉兵，造成五胡亂華的局面，大量百姓與世族開始南渡。 316年，西晉被匈奴建立的政權所滅亡，北方從此進入五胡十六國時期 。 317年，晉朝宗室司馬睿於建康稱帝，東晉建立，據有中國南方的領土。中原的世族及平民陸續南遷，形成中國北方僑民和南方土著聚居的局面。東晉初期，皇權衰落，朝廷大權主要由世族掌握，由於軍權外重內輕，朝廷控制力弱，不少方鎮心懷野心，先後發生了王敦之亂、蘇峻之亂及桓溫專政 。雖然部分士族當權者有恢復之心，前後發動幾次北伐，但是朝廷擔心野心家藉此擴張勢力，大多消極支持。 383年，前秦出動舉國之師，意圖滅亡東晉。面對亡國之禍，東晉君臣一心，憑藉淝水決戰奠定勝局 。謝玄等將領乘勝追擊，成功的收復大批失土，致使前秦崩解，引發了北方軍事和政治格局的變化。然而，東晉後期又發生朋黨相爭及桓玄作亂。平民負擔沉重，又發生叛亂。譙縱在蜀地自立。最後劉裕崛起，平定諸亂，憑藉軍事力量奪得帝位，進入了南北朝時期 。 司馬氏起源 司馬家族在東漢和三國時期就是顯赫的世家大族，如司馬朗、司馬懿及司馬孚等兄弟共八人，時人稱“八達”。其中司馬懿具有政治及軍事才略，在曹魏後期抵禦蜀漢北伐及平定遼東，成爲了魏國重臣 。 239年魏明帝去世，司馬懿與曹爽受遺共同輔政，但司馬懿被曹爽架空。 249年發生高平陵事變， 司馬懿重奪政權，至此司馬氏開始專政。 在司馬懿去世後，其子司馬師及司馬昭逐漸鞏固司馬氏的勢力 。此期間發生三次嚴重的內亂和割據戰爭，史稱淮南三叛，皆被平定，司馬氏逐步掌握了執政權。
統一天下 263年，司馬昭爲了建立赫赫軍功，統一中國，命鍾會、鄧艾及諸葛緒率軍伐蜀，蜀漢主將姜維阻敵於劍閣 。最後鄧艾經陰平直襲涪城，進逼成都。劉禪見大勢已去而投降，蜀漢滅亡，史稱魏滅蜀之戰。之後鍾會、姜維意圖叛變，但被司馬昭立即平定。司馬昭勝利後稱晉王，但不久去世。其子司馬炎繼立後於266年建立晉朝，改元泰始，是爲晉武帝，定都洛陽，史稱西晉 。 晉武帝施行了一系列進步政策增強國力，發展生產。此時孫吳局勢混亂，吳帝孫皓不修內政又窮極奢侈，民心不附。 270年河西鮮卑領主禿髮樹機能叛 ，次年匈奴劉猛也隨之出關。 272年司馬炎又派何楨招降李恪平定劉猛叛亂。 274年陸抗去世，275年司馬炎釋放奴婢替代士兵屯田，樹機能歸降，拓跋部沙漠汗出使晉朝，馬循平定鮮卑。爲了防禦吳國，司馬炎派羊祜鎮守襄陽與吳將陸抗對峙，派王浚於益州大造船艦。 276年羊祜提議伐吳，遭羣臣反對而作罷。 277年樹機能復叛，司馬駿帥文鴦等敗樹機能，降鮮卑二十萬。沙漠汗被鮮卑舊貴族殺害，衛瓘平定拓跋部內亂。 278年羊祜病故，臨終推薦杜預鎮守荊州。此時司馬炎派馬隆前往涼州平叛，禿髮部衆殺樹機能降。 279年西北之亂始平，王浚、杜預上書司馬炎，認爲是伐吳的時候了，賈充、荀勖等認爲西北未定而反對 。最後司馬炎決定於該年12月進攻吳國，史稱晉滅吳之戰。他以賈充爲大都督 [27] ，上游王浚、唐彬軍、中游杜預、胡奮、王戎軍、下游王渾、司馬胄軍多路並進。於280年逼近建業，孫皓見大勢已去而投降，孫吳滅亡，西晉統一天下，三國時期結束 。 世族興起 晉朝建立後，曹魏時期壓抑的世族在司馬懿及陳羣羽翼下擡頭，當時出名的世族有琅玡王祥、滎陽鄭衝、陳國何曾、臨淮陳騫、潁川荀顗、荀勳、河東衛瓘、河東斐秀、太原王渾、泰山羊祜、河內山濤、京兆杜預、太原郭奕、清河崔琰、范陽盧欽等。曹魏時期的清談，到晉代時許多士大夫紛紛效仿，形成一批置身功名利祿又求出世隱遁的士大夫 。
朝政方面，晉朝在歷史上首先建立了門下省，三省制度完善，並且在277年創 建了國子學。由於諸臣在“平吳”與“立嗣”等議題上發生爭執，使得黨派形成。以侍中任愷爲首張華、庾純、溫顒、向秀、和嶠等一派，與尚書令賈充爲首楊珧、王恂、華廙等爲一派相對立，在立嗣上諸臣爭執更劇。當時太子司馬衷昏庸無能，武帝之弟齊王司馬攸較仁孝慧敏。司馬駿、衛瓘、和嶠等主張廢衷立攸，但遭楊皇后和賈充、荀勖等人反對。最終晉武帝仍然不能捨子立弟，遣返司馬攸回其封國，齊王憂病而死。 軍事方面，西晉立國後，武帝分封諸王，於277年遣諸王就國，其中一些都督諸州軍事。如汝南王司馬亮督豫州、楚王司馬瑋督荊州。統一後，爲避免東漢末期諸州割據再度發生，武帝裁撤州郡兵，解除天下武備。分封諸王與去州郡兵是避免權臣專政及地方，顯示天下太平。《晉書》山濤傳：大郡武吏百人，小郡有武吏五十人，職官志：大國守土百人、次國八十人、小國六十人，整個中原沒有常備軍防禦 [30] 。儘管諸侯王名義上可以建立千人的部隊，鎮守本國，但是晉朝實際沒有出現諸侯割據，《晉書》地理志：王不之國，官於京師 。諸王都留居京城，直到琅玡王南渡整個江南沒有諸侯王鎮守。 賈后亂政 290年晉武帝去世，晉惠帝繼位，外戚楊駿託孤輔政，出汝南王鎮守許昌。野心勃勃的皇后賈南風乾政。當時楊駿執政，與賈后對立，楊駿爲了鞏固自身勢力，任命其親信掌管禁軍，此舉使宗室諸王與某些大臣不滿。
291年賈后藉由楚王司馬瑋除去楊駿及其勢力，任命汝南王亮與衛瓘掌政。不久賈后利用楚王瑋與汝南王亮不合去除汝南王亮及衛瓘，再以僞詔殺楚王瑋，任命張華、裴頠及賈模等人掌政 。 至此賈后奪權成功。所幸張華等人同心協力，盡忠職守，政局得以穩固。此時關中羌氐叛，294年匈奴郝散叛，不久平定。296年其弟郝度元以齊萬年爲首，聯合西北馬蘭羌、盧水胡叛變。299年齊萬年之亂平定。江統和郭欽都曾建議將胡族強制遷離，他所著《徙戎論》提出更完整的主張，晉室施行了優待少數民族的政策，代替過去的強制遷徙，但是沒有對有野心的分裂貴族採取遷徙和防範措施。 由於太子司馬遹非賈后親生 [33] ，賈后意圖廢除。300年太子被賈后污篾謀反，被廢。趙王司馬倫採孫秀計，挑撥賈后殺掉太子。而後趙王倫聯合齊王司馬冏以替太子報仇爲由發兵去除賈后及其黨羽，趙王倫專政。 八王之亂 301年，趙王司馬倫自立爲帝，改元建始，惠帝退位爲太上皇。三月，齊王司馬冏、河間王司馬顒、成都王司馬穎三王聯合常山王司馬乂（後封長沙王）伐趙王倫。五月去除趙王倫及其黨羽，惠帝復位，齊王冏專政。302年成都王穎及河間王顒派軍討伐齊王冏，長沙王乂聯合宮廷將領於京城洛陽響應。齊王冏及其黨羽被除，長沙王乂掌政，被外戚羊玄之遙控。 303年成都王穎聯合河間王顒率軍攻擊洛陽，討伐羊玄之等人，但被長沙王乂屢屢擊敗。304年初洛陽城缺糧，宮廷將領逼東海王奏免長沙王乂，開城投降。長沙王乂被河間王顒將領張方殺害，成都王穎迫惠帝立其爲皇太弟，河間王顒爲太宰，東海王越爲尚書令。成都王穎勝利後，班師返鄴，政治中心北移 [36] 。而後宮廷將領陳軫集結各方兵力，挾惠帝討伐成都王穎。最後失敗，晉惠帝被俘，東海王越逃至其封國東海（今山東郯城北），河間王顒將領張方佔領洛陽。
但不久東海王越的親弟幷州刺史東瀛公司馬騰及幽州刺史王浚聯合異族鮮卑、烏桓等勢力擊敗成都王穎。張方挾晉惠帝逃至洛陽，擁有關中及洛陽的河間王顒與東海王和解，最後成都王穎被廢，河間王顒改立司馬熾爲皇太弟。 305年東海王越在山東再次起兵，西向進攻關中。306年東海王越攻入長安。河間王顒和成都王穎敗走，司馬模佔領長安。東海王越迎惠帝還洛陽，隨後成都王被害，晉惠帝病死，豫章王司馬熾繼位，是爲晉懷帝，由東海王司馬越攝政，八王之亂至此結束。 五胡亂華 天災人禍，少數民族又受到當時士族統治者極端壓迫，內遷諸民族乘機舉兵紛紛尋求獨立謀生，造成五胡亂華，永嘉亂後士族百姓紛紛南渡自保。其中“能建邦命氏成爲戰國者”有十六國，分別是：成漢、前趙（漢趙）、後趙、前燕、前秦、前涼、後燕、後秦、西秦、後涼、南涼、南燕、西涼、北涼、大夏、北燕。後世由此統稱16國諸多列國的那段混亂時期爲五胡十六國時期。 五胡亂華前北方外族分佈圖，當時外族有匈奴、羯、鮮卑、氐、羌、盧水胡、烏桓、巴人及高句麗人。八王之亂期間，地方勢力不斷膨脹，少數民族中的分裂分子陸續叛變，氐族李雄在益州逐漸勢大，於304年稱王，兩年後稱帝，國號成，與羅尚在巴郡對峙。304年司馬穎遭王浚和司馬騰圍攻，遣匈奴領袖劉淵回幷州發兵支援，劉淵乘機宣佈獨立。308年劉淵稱帝，國號漢，割據山西西南部。由於晉朝在中原解除武備，無力平定叛亂，加上嚴重的自然災害，嚴重動搖了統治基礎。晉室在八王之亂後面臨一場覆亡危機。
劉淵爲了要擴充版圖，遣子劉聰攻打洛陽，多次被擊敗。石勒及王彌掠奪關東各州，石勒吞併王彌，脫離劉淵轉戰南下 。310年劉淵去世，劉聰殺新帝劉和自立爲帝。同年，石勒經宛城、襄陽，掠奪江漢一帶，隔年北返。當時關東又有蝗災，洛陽缺糧，鮮卑拓跋部猗盧等欲派兵防禦洛陽，司馬越以無糧推辭，並率朝中重臣及諸將東討石勒，懷帝困於洛陽。 311年晉懷帝與司馬越的矛盾爆發，密詔苟晞伐之，隨後司馬越病逝，王衍率軍歸葬封國。當他東行至苦縣（今河南鹿邑縣）時，遭石勒襲擊，晉軍精銳受屠盡亡，重臣降後被殺。此時洛陽空虛，被劉聰、王彌兵攻破，殺害官員百姓三萬餘人，擄走晉懷帝，史稱“永嘉之禍” 。313年晉懷帝被殺，晉愍帝於長安繼立帝位，劉聰派劉曜持續攻打。316年晉愍帝投降，最後受辱被殺，至此西晉亡。而後，各族陸續在北方建立國家，史稱“五胡十六國”。 西晉亡後，在北方尚有多個忠於晉朝的地區，即幷州北部劉琨、幽州段匹磾、冀州的邵續、青州的曹嶷、徐龕；東北還有慕容廆、段眷；北方還有代王；西北涼州還有張氏集團。然而，幷州劉琨先被石勒擊潰，投靠幽州段匹磾。段匹磾則奉東晉王敦密令將劉琨處死，之後段匹磾也被石勒擊敗。劉聰死後，部將分裂，叛逃的多達二十萬戶，晉軍也一度攻打到離其都城不遠的絳縣，靳準殺劉粲，建立晉藩天王制度，向晉朝臣屬，不久遇害。石勒佔領了河東，劉曜也拋棄漢旗號 ，兩人都自立爲趙國。劉曜載記：在涼州張寔去世之後，其弟張茂向前趙的劉曜稱臣（張軌傳記載張茂未降並打敗了劉曜）。與晉朝對立的三個割據勢力，在當時佔領了晉朝五分之一的國土。 衣冠南渡 317年西晉滅亡後，司馬睿在建康重建晉朝，諡號爲晉元帝，史稱東晉 。但晉廷穩定後大量引用僑姓世族（原北方世族），壓抑江東世族。然而，由於僑姓世族持續侵犯江南經濟並打壓南方世族入仕朝廷，使得僑吳世族在政治及經濟上的衝突仍在。加上世族對寒族歧視、與朝廷分庭抗禮；中央與方鎮對立及野心家的崛起，使得東晉一朝未能統一中國。 世族擾政 晉元帝司馬睿原屬於東海王越一黨，鎮下邳。當時江東少受中原戰亂影響，晉元帝渡江後倚重王氏，信任王導、王敦，時稱“王與馬，共天下”。吳姓世族以義興周氏及吳興沈氏併爲江東二豪，吳郡朱、張、顧、陸四氏居次。303年、305年及310年間江南發生三次叛亂，皆由義興周氏的周玘和顧榮、賀循、紀瞻、甘卓等平定，使江南得以穩定，史稱三定江南。 307年八王之亂後，司馬睿聽從王導建議遷鎮到建康。南遷后王導以“鎮之以靜，羣情自安”政策穩定政權，他藉由當地名士顧榮、賀偱、紀瞻爲引，進而獲得吳姓世族的擁護。而後大量北方世族及皇族衣冠南渡，在王導號召下共同支持司馬睿，使得江南諸州次第歸附，晉懷帝蒙難司馬睿被天下推舉爲盟主，不久被晉愍帝任命爲丞相，在江東建立統治。
東晉統治階級主要由世族掌權，由於軍權外重內輕，不少方鎮心懷野心，造成如王敦之亂、蘇峻、祖約之亂及桓溫專政。此時雖然陸續有北伐以收復失土，因爲內部矛盾而始終未能重建鞏固的全國統一政權。383年前秦出動舉國之師，意圖滅亡東晉 。面對亡國之禍，東晉君臣一心，這是成立以來最團結的一次。淝水決戰後前秦崩解，謝安、謝玄等人成功的收復大批失土。然而，後期又發生朋黨相爭及桓玄篡位。由於平民負擔沉重，又發生孫恩、盧循之亂。譙縱亦據蜀地自立。最後劉裕崛起，平定諸亂，並奪得皇位，進入了南北朝時期。 東晉初期，王導等人採取鎮之以靜策略， 以穩定局勢。東晉的莊園經濟的程度比西晉更重。由於農業技術提升等因素，在僑姓世族與吳姓世族密集開發下，江南獲得全面開發而繁榮興盛，中國的經濟中心也逐漸南移，使得後來有大運河的出現。此外，在手工業和商業方面也有長足進步。 因爲北方外患威脅仍在，東晉朝廷賴世族及方鎮的支持以穩定局勢，這使得不少士族掌握強大的武裝形成割據。王敦素來桀傲，有意控制朝廷，晉元帝爲了抑制王氏權勢，以劉隗、刁協、戴淵等人牽制，並防禦王敦，削弱其兵權。王敦利用祖逖去世、京城防禦不足，於322年發兵，攻陷建康。刁協等人被殺，史稱王敦之亂。晉元帝憂憤而死，太子紹繼位，是爲晉明帝。當時王敦欲專權，移鎮姑孰（今安徽當塗縣），但於324年病危。晉明帝下令討伐，平亂成功，由於王導未附逆，所以王氏仍受晉室重用。 325年晉明帝去世，太子衍繼立，是爲晉成帝。由王導及外戚庾亮輔政。當時軍事重鎮分由陶侃鎮守荊襄地區及由蘇峻及祖約等鎮守淮南地區。陶侃懷疑因爲庾亮的干預，使得未能輔政而感到不滿。庾亮爲了提防陶侃，任溫嶠鎮守武昌 [50] 。由於蘇峻及祖約對庾亮鞏固中央的政策感到不滿，於327年反叛。次年蘇祖聯軍攻陷京師，脅持晉成帝，庾亮逃至尋陽（今江西九江市），史稱蘇峻之亂。此時陶侃觀望，經溫嶠力勸之下決定討伐蘇峻。蘇峻迎戰陣亡，329年陶溫聯軍收復京師，平亂成功。事後庾亮請罪，外調鎮蕪湖，朝廷由王導執政。334年陶侃去世，庾亮代之，仍遙控朝廷，與王導交惡。339年後王導與庾亮先後去世，由庾翼執政，掌握荊州軍權。 北征五胡 在東晉成立後，南遷的晉人莫不希望發動北伐，收復在北方淪陷的家園。但由於世族已安居江南，南方豐富的資產使得重返北方的意願不高。但是東晉建立後，依然進行了多次的北伐 。 東晉初期，朝廷採取以攻爲守態度抵禦北方。317年祖逖意圖北伐，晉元帝給予充分支持，不僅從庫存數千匹布帛中取出三千匹支援，晉元帝命祖逖相機收復中原。他招募流民建立軍隊北上，晉元帝還先後派自己的次子和司馬颺出兵配合祖逖 ，並與當地塢堡合作，最後成功收復黃河以南領土，與石勒隔河相持。 但由於東晉發生內亂，朝廷於321年派戴淵爲徵西將軍，都督各軍守壽陽，鎮西將軍祖逖不願隸屬其下，修武牢沿黃河防禦，又得知朝廷內部王敦和劉隗矛盾重重，憂憤而死。王敦因爲祖逖去世而不必顧慮遂叛變 。祖逖軍由其弟祖約率之，最後也隨蘇峻叛變。由於晉朝內部矛盾，失地得而復失。晉成帝時則由庾亮、庾翼兄弟主持北伐，他們以荊州爲中心，意圖發動北伐。但是因被抵制，所以沒有實現統一。庾氏兄弟相繼去世後，朝廷先後由褚裒、殷浩、謝尚、桓溫、司馬勳等多次北伐 。 346年晉穆帝時，桓溫、周撫、司馬無忌、毛穆之、袁喬等討伐成漢，次年討滅。349年石虎死，晉廷派褚裒北伐，失敗。桓溫多次破壞北伐，在褚裒北伐失敗後引軍東下武昌與殷浩爭權。晉廷不許，改以殷浩、司馬勳、謝尚負責北伐。352年殷浩聯合羌將姚襄北伐前秦，被苻健擊敗。次年殷浩再度北伐，爲姚襄所襲，殷浩被桓溫彈劾罷免。 354年桓溫伐前秦，但由於苻健採堅壁清野戰術，桓溫又態度消極不進，最後晉軍缺糧而撤退。356年，桓溫討伐河南姚襄，擊潰之並攻佔洛陽，修謁皇陵。358年桓溫不顧朝廷要求其駐守經營洛陽，僅留毛穆之三千人守洛陽，自行南撤。等到晉哀帝及晉廢帝（即司馬奕）相繼爲帝之後，桓溫已經控制兵權。 當時北方呈現前秦、前燕代涼割據的局勢，洛陽爲前燕佔領。桓溫爲了準備專權，於369年討伐前燕 。當時燕軍大敗，晉軍進駐枋頭（今河南浚縣附近）與燕將慕容垂對峙。最後晉軍缺糧而退，慕容垂率軍追殺，晉軍大敗。 371年桓溫廢晉帝司馬奕爲東海王，改立司馬昱爲簡文帝。隔年簡文帝去世，晉孝武帝繼位，373年桓溫要求“九錫”，大臣謝安、王坦之拖延該事，不久桓溫病死，東晉暫時中止了北伐。 淝水之戰 淝水之戰前夕，前秦東晉對峙圖晉孝武帝時，謝安執政，桓衝爲荊州刺史，防禦荊襄地區；謝玄鎮廣陵，與謝安防禦淮南地區。爲了加強中央軍力，晉孝武帝令謝玄招募淮南江北百姓，成立北府軍 。 370年前秦滅掉前燕後，前秦帝苻堅即有意滅東晉以統一天下。373年攻下東晉樑益二州。378年派苻丕圍攻襄陽，朱序堅守，於隔年攻破，俘虜了朱序；又派彭超圍攻彭城，卻被謝玄率北府兵擊敗。382年呂光平定西域後，苻堅的目標指向東晉。次年5月桓衝率10萬軍，意圖奪回襄陽，苻堅派苻睿、慕容垂等人防禦。8月苻堅認爲時機已到，率舉國之師南征東晉，兵分三路，聲勢浩大 。他親率步兵60萬抵達項城，派苻融爲先鋒率27萬兵攻打壽陽，樑成等人屯洛澗以控制淮河。晉廷震驚，謝安力持鎮定，命謝石爲前線大都督、謝玄爲先鋒，與謝琰、桓伊等人率8萬北府兵北上救援。 383年10月秦軍前鋒攻陷壽陽後，苻堅趕往指揮，並派朱序向謝石諸降勸降。但朱序盡泄秦軍虛實，並建議速戰速決。11月謝玄派劉牢之率五千精兵攻破洛澗，晉軍西行，與秦軍對峙淝水。12月有人向苻堅建議後退決戰 。諸秦將認爲阻敵淝水畔比較安全，但苻堅認爲半渡而擊可主動對決。當秦軍後移時，晉軍渡水突擊，朱序於後軍大喊秦軍已敗。此時秦軍大亂，謝玄等人乘勝追擊，秦軍全面崩潰，苻融戰死，苻堅中箭，孤身北返，後由慕容垂護送。此役晉軍全面勝利，於東晉歷史上意義非凡，史稱“淝水之戰”。 戰後，謝安都督諸州軍事，準備北伐支離破碎的前秦。384年謝安命謝玄、桓石虔率軍北伐，謝玄等人自廣陵北上，攻克鄄城、廣固等地，並修建青州派（水利工程）以運送糧草。此役收復山東、河南一帶，將領土劃至黃河以南。荊州軍也成功收復四川、襄陽一帶。謝玄繼續北上，前鋒劉牢之一度打到鄴城。但專政朝廷的司馬道子忌諱謝氏功高，朝議“以徵役既久，宜置戍而還”，令謝玄回鎮淮陰，最後北伐功敗垂成。 朋黨之亂 司馬道子爲晉孝武帝之弟，甚受信任。淝水之戰後謝安謝玄被司馬道子排擠，最後相繼去世，朝廷逐漸混亂，北府軍後由王恭等人統率。桓衝去世後，桓家後來由桓玄領導。390年晉孝武帝對司馬道子不滿，遂內以王珣、王雅入廷，外以王恭任兗州刺史、殷仲堪任荊州刺史；司馬道子也引王國寶及王緒抗衡，朋黨亂起。 396年晉孝武帝被貴人張氏殺，太子繼立，爲晉安帝。398年王恭和 庾楷上表彈劾王國寶並領兵討伐，殷仲堪遙援，吳姓世族也發民支持。司馬道子畏懼，只好殺王國寶、王緒求和。之後司馬道子聽從司馬尚之建議，任王愉江州刺史爲外援。 次年王恭聯合荊州刺史殷仲堪、廣州刺史桓玄再度舉兵。司馬道子命其子司馬元顯爲都督同王愉率軍抵禦。王愉被擊敗，聯軍攻至京師。司馬元顯收買劉牢之倒戈，王恭敗死。殷仲堪與桓玄得知後退至尋陽，由桓玄任盟主，最後雙方言和。朝廷爲分化殷仲堪勢力，任桓玄爲江州刺史、殷仲堪爲荊州刺史、其部下楊佺期爲雍州刺史。399年桓玄殺殷楊二人，並其轄地。 司馬元顯擔憂北府軍不可靠，徵江東豪族佃民以建立新軍，稱爲“樂屬”。這卻使“東土囂然”，引發民變，399年孫恩率衆攻陷會稽，史稱孫恩之亂。孫恩世奉五斗米道，五斗米道大受世族及平民信仰。400年孫恩擴張勢力，江東豪族及五斗米道紛紛響應，江東八郡完全淪陷。401年孫恩偱海路直襲丹徒，京師震撼。劉牢之派劉裕至海鹽擊敗孫恩，孫恩乘船而退，又被劉裕擊敗。402年3月孫恩爲臨海太守辛景所敗，投海而亡。餘衆由其妹夫盧循領導。 402年司馬元顯爲免桓玄乘亂偷襲，搶先西征，任劉牢之爲先鋒，司馬尚之爲後部。桓玄也率軍東下，大破司馬尚之，劉牢之認爲司馬元顯無用而倒戈，引桓軍入建康。桓玄控制朝廷，誅殺異己，先後殺司馬元顯與道子，奪取劉牢之兵權，誅戮部分北府將領，提拔北府將領劉裕。桓玄最初有意革新朝廷，但最後豪奢縱慾，政令無常，漸失人心。 403年桓玄篡位稱帝，建國桓楚。司馬遵與毛璩等起兵擁晉後，劉裕同北府舊將何無忌、劉毅舉兵，收復建康，桓玄挾晉安帝西撤江陵。而後桓玄又率軍東下，被劉毅擊敗。最後桓玄逃往蜀地，途中被馮遷所殺。桓振、桓謙又挾晉安帝反抗，直到405年肅清桓氏勢力，何無忌得以迎晉安帝復位，也掌控了朝廷。 走向滅亡 劉裕掌控朝廷，荊州刺史劉毅忌妒，意圖舉兵 。412年劉裕搶先討伐之，劉毅兵敗自殺。譙蜀爲東晉叛將譙縱所建。在405年時，益州刺史毛璩率軍討伐江陵桓振，蜀軍不願遠征，便推譙縱爲主叛晉。隨後攻陷成都，殺死毛璩，譙縱也自號成都王。408年晉廷派劉敬宜率軍討伐但失敗。413年劉裕派西陵太守朱齡石率軍西伐，攻佔成都。譙縱敗退自殺，譙蜀亡。 盧循爲孫恩繼承人，桓玄爲安撫之任爲永嘉太守，但他仍不斷襲擾沿海。404年盧循由海路攻佔廣州，隔年晉廷爲安撫而命他爲廣州刺史。410年盧循趁劉裕北伐南燕之機，與其姐夫徐道覆分二路北伐，合潰劉毅於桑洛州（今江西九江市），乘勢攻入京師建康，史稱盧偱之亂 。 此時劉裕已趕回，盧循和徐道覆發生內訌，盧循久攻京師不破，撤守尋陽。10月徐道覆進攻江陵，爲守將劉道規所敗。12月盧循敗於晉軍，退守廣州。411年劉裕派兵擊殺徐道覆。盧循最後於交州被交州刺史杜慧度殲滅，投水自殺，至此亂事平定。 劉裕消滅若干異己後，爲了名正言順稱帝，先後發動兩次北伐。當時南燕慕容超屢屢入侵，409年劉裕率軍伐南燕。於次年攻破南燕都城廣固，擒殺慕容超，南燕亡。而後因盧循叛亂，劉裕回師。後秦因爲屢遭夏主赫連勃勃入侵，國勢大衰，幼主姚泓初立。416年12月 劉裕再度北伐，連克許昌、洛陽 。隔年劉裕兵分兩路圍攻關中，最後攻破長安，後秦亡。 但於該年冬天，留守京師的劉穆之突然去世，爲免朝廷生變，劉裕不得不親返。他命其幼子劉義真同王鎮惡、沈田子等諸將防守長安，後來諸將內鬨，夏主赫連勃勃率軍攻擊。417年冬劉裕命劉義真等將領率軍東歸，遭夏軍追擊，元氣大傷，至此北伐結束。關中失守後，劉裕開始積極謀取帝位。同年劉裕殺晉安帝，立其弟德文，爲晉恭帝。 420年劉裕廢晉恭帝自立，建國宋，史稱南朝宋，是爲宋武帝，東晉至此滅亡。 439年北魏統一華北後，至此進入南北朝時期。
