主要用於進化分析獲得的序列信息。通過它可以編輯序列的數據、進行序列的比對、構建系統發育樹和推測對比物種序列間的關聯程度及進化距離等。
操作方法
（01）首先在NCBI等文獻搜索軟件中搜索目的序列，此處以端粒telomere爲例，打開其中一個搜索結果
（02）點擊右邊的Run BLAST進行比對
（03）注意，如果此處輸入的是序列，右邊的序列比對範圍無法設定，如果是編號可以設置，這裏我設置的是從1到200個核酸比對
（04）比對的結果及其詳細信息就是下面這樣（三幅圖是連在一起的）。這裏我選擇了前十個對比序列
（05）在Donwload下設置下載的文本格式，點擊Continue進行下載，設置好儲存路徑。保存好以後將文本打開，格式設置爲自動換行
（06）打開MEGA，創建比對框。根據自己的需要選擇選項，點擊OK。如果需要比對的是核酸，點擊DNA，如果是蛋白質點擊Protein
（07）點擊比對框中Edit菜單下的Insert Sequence From File；選擇自己之前下載的序列格式，因爲我剛纔的是Text文本格式，所以這裏我選擇Text（注意：如果格式不正確，則之前保存的序列不會出現）。選好格式後，自己的核酸序列文本顯示出來，點擊後打開
（08）打開後MEGA進行序列比對分析，根據比對結果可通過Edit對序列進行編輯
（09）分析好後點擊Date菜單下的Phylogentic Analysis進行構象樹分析
（10）然後在主菜單上點擊Analysis點擊Phylogeny，在選擇第二個選項並確定。點擊Compute進行比對構建構象樹
（11）下面是比對的結果
